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教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織（以下稱機關團體）99年度結算申報案件即將進行查核。

依據「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下稱「免稅標準」）規定，機關團體有銷售貨物或勞務所得，扣除銷售貨物或勞務以外活動有關之虧損後，仍有所得者，應依法課徵所得稅。若機關團體於辦理結算申報時有漏報銷售貨物或勞務所得，依稅捐稽徵法第48條之1規定，可於稽徵機關查獲前自動補報所漏報之所得及繳納稅款，並加計利息，則可免於受罰。

依據免稅標準之規定，機關團體當年度與創設目的有關的支出，須達各項收入之70%始可免納所得稅。但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。故機關團體99年度若有支出未達收入70%，尚未經財政部同意者，應儘速擬具結餘經費使用計畫書，向主管機關申請結餘經費保留，主管機關查明使用計畫與創設目的有關後，函請財政部同意，當年度始得免納所得稅。

機關團體經財政部同意其結餘款經費使用計畫者，應依使用計畫確實執行，稽徵機關會列管追蹤查核，使用計畫之最後年度該局並列選為查核案件。倘機關團體未依其報經核准之使用計畫使用完畢，稽徵機關將就全部結餘款依法核課結餘款發生年度之所得稅。國稅局表示，99年度機關團體結算申報案件即將查核，機關團體如有經核准之結餘經費未使用完畢，係因不可歸責之正當理由，機關團體得敘明理由報經主管機關審核後，函請財政部同意，申請變更結餘經費使用計畫。但機關團體結餘款發生年度為95年度及以前年度者，因已逾核課期間，則不得申請計畫之變更。