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業經 總統公布廢止之促進產業升級條例（以下簡稱促產條例），其租稅減免措施雖施行至98年12月31日止，惟仍有許多公司尚有未抵減之稅額，可於99年以後年度繼續抵減。與產業創新條例（以下簡稱產創條例）規定自99年1月1日起施行之研究發展支出投資抵減（以下簡稱研發投抵），將衍生該如何計算抵減稅額的問題。

為保障公司依廢止前促產條例規定享有之租稅減免權益，財政部於100年3月22日核釋促產條例廢止後，研發投抵措施於產創條例施行後過渡期間之課稅規定如下：

一、公司依廢止前促產條例第6條規定以98年度及以前年度營利事業所得稅結算申報經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之該條第1項及第2項規定支出投資抵減稅額（含自動化設備或技術投資抵減及研發投抵）及依產創條例第10條規定之研發投抵稅額，抵減99年度及以後年度之營利事業所得稅額時，應先依產創條例第10條規定抵減當年度研發投抵稅額，如仍有應納稅額尚未抵減，再依廢止前促產條例第6條規定抵減前開經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之投資抵減稅額。

二、前開抵減總金額以當年度應納營利事業所得稅額之50%為限，但廢止前促產條例第6條規定之最後年度抵減稅額，不在此限。