近來因連日大雨，造成永康、東區、仁德、歸仁等地局部積淹水，有媒體質疑過去市長賴清德所稱「淹30年的痛苦，我花3年解決」治水計畫破功，對此，本府回應如下：
賴市長曾提到，將治水時間從30年縮短至3年的說法並沒有錯，只是大家誤解。臺南市轄內各主要區域排水治理工程，如果以傳統徴收方式，治理工程若全部完成需近630億的經費，待經費到位按步就班大概需要三十年時間，緩不濟急。
縣市合併之後，市府自籌十六億經費，以三年時間，把全巿主要區域排水做應急方式的治理，把各排水尚有防洪缺口會溢堤倒灌的先行緊急處理，例如三爺溪應急工程完成後，過去這幾年颱風豪雨並未發生溢堤、缺口倒灌大範圍及深度的淹水災情，完成上述應急工程之後，接著針對集水區道路下方雨水下水道加以串連改建，並於必要時施設抽水站或滯洪池。
應急治水成效以三爺溪為例，101年0520豪雨時雨量71毫米的降雨量，淹水面積達1576公頃，103年0812豪雨時雨量91毫米淹水面積已降至316公頃，本次0906仁德站時雨量高達86毫米，永康及仁德站24小時累計雨量均高過300毫米，積淹目前依通報區域概估約小於150公頃，過去常積淹之區域如家具博物館、一甲工業區、仁德公所、中正路、中山路一帶等區域本次豪雨均無災情傳出，積淹區域主要集中在裕義路高速公路附近及大灣崑山一帶，均為目前改善工程進行中之區域。
目前像三爺溪沿岸還會淹水地方如太子路，裕義路，崑山科大一帶都是道路雨水下水道或抽水站尚在施工中的情形，完成後就會看到市區積水會有顯著改善成效。
崑山永久站預計明(106)年6月完工，抽水量達21cms，可改善大灣崑山積淹陳痾；此外，虎尾寮高低地排水分離改善工程亦將於年底完工，屆時裕農路涵洞及裕義路積淹阻礙交通狀況將可獲大幅改善；至於仁德太子路段積淹問題亦已發包施作推進涵管，將積水導入土庫抽水站抽排，預計年底完工，明年汛期均可發揮功能有效改善積淹水情況。
對於三爺溪防治策略市府採取流域綜合治水之方法，部分民眾建議做大型滯洪池恢復古鯽魚潭的理想，市府認同這樣的構想，但是現地已經高度都市發展，無法再大面積徴收土地拆遷民宅；此外，四十公頃滯洪池至少要百億市值，以政府目前財政無法負擔，若是採區段徵收取得，則要變更永康大灣最後一塊農地做區段徵收住宅及滯洪池，單就環評及都審程序至少需要好幾年時間，更何況現在社會氛圍對農地變更高度困難，故恢復古鯽魚潭的理想，以現況而言，並不可行。
市府治水絕非單純治標，而是採取綜合方式，短期以應急方式儘速讓民眾脫離淹水風險，長期仍尋水理特性，以治理計畫持續推動，但改善工作非一朝一夕可及，市府用心投入治水工作，臺南地區的淹水頻率及狀況已大幅改善，長年住在低窪區的鄉親必有所感。
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