有關臺南市教育產業工會及臺南市教師會要求本市校長遴選委員會教師代表改由教師團體推派代表參與，教育局指出，「臺南市立國民中小學校長遴選委員會設置及作業要點」，係教育局依國民教育法第9條規定，依權責合法訂定。且臺南市教育產業工會向勞動部申請裁決本府於103年2月18日修訂「臺南市立國民中小學校長遴選委員會設置及作業要點」，將原本規定由「教師團體代表1人」擔任委員之規定，修改為「曾於教學或行政領導獲市級以上獎項之教師代表1人」係為不當勞動行為，業經勞動部103年裁字第24號不當勞動行為裁決決定書認為其「申請為無理由，駁回其裁決請求」，更確認本市校長遴選作業要點符合規定。
教育局進一步指出，校長遴選應同時兼顧維護校長尊嚴及學校長遠發展，故應回歸教育本質，不應受到外界過多干擾。本市校長遴選委員會置委員13人，由學者專家代表、教育行政人員代表、學校家長會代表、曾於教學或行政領導獲市級以上獎項之教師、校長代表及社會公正人士組成。其中教師代表由曾獲在教學或領導有卓越表現之教師擔任委員，正可讓教育第一現場之優秀教師有機會參與校長遴選，且上開教師不乏具有教育行政經驗者，可以就校長領導能力與教育專業提出具體對話。
另依據「臺南市立國民中小學校長遴選委員會設置及作業要點」第21點規定，校長遴選委員會委員，在校長遴選結果未公告前，均應予保密。本市聘請之委員來自各領域，且各委員皆秉持公正、公平及客觀之態度，獨立行使其職權，充分彰顯校長遴選委員會之公信力。
有關教師團體所實施之校長辦學概況問卷調查，教育局指出，其問卷填答過程及客觀性實有待商榷。有關教師團體訴求將校長辦學概況問卷送交本市校長遴選委員會，教育局基於業務權責轉達整體情況使委員知悉，委員也能充分瞭解該會訴求。
教育局進一步指出，在辦理校長遴選作業前，除辦理校長理念說明會，讓學校教師及家長充分了解校長之辦學理念外，更聘請專家學者組成校長辦學績效評鑑小組，針對校長之學校行政經營、教學領導、學生之學習與成長、與家長及社區互動等4面向共37項評鑑指標到校進行評鑑，並訪談教師與家長，撰寫考評紀錄表，具體列舉校長辦學之優缺點及相關建議。另學校亦召開校務發展會議，由教師與家長共同討論，提出學校未來需求建議，供校長遴選委員會參考，使校長遴選前置作業更臻客觀周延。
本市校長遴選委員會除審議校長辦學理念、學校經營計畫書、考績及辦學績效評鑑結果外，並參酌學校所提出之需求建議，於遴選會議當日透過口試，作綜合判斷，因此歷年來選出之校長皆能適才適任，充分展現優秀領導能力與教育專業，普遍獲得各界好評與肯定。
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