近年常見台灣企業間為增加全球競爭力及規模經濟，透過併購100%持股子公司，使其得以發揮最大經營效益。然有許多因合併而消滅公司合併前之未分配盈餘，合併存續公司因疏忽稅法規定，將合併消滅公司之未分配盈餘合併申報，致發生消滅公司合併前之未分配盈餘漏未辦理申報或計算錯誤等情形，進而影響參與合併雙方公司股東之權益。
南區國稅局表示，母公司合併其100%持股的國內子公司，因屬組織重組，其會計處理係以子公司的原淨資產帳面價值，作為母公司取得資產的入帳基礎。當母公司自子公司取得的淨資產價額超過對子公司出資額的差額部分，就視同合併消滅之子公司分配予股東（母公司）之股利所得（投資收益），依所得稅法第42條第1項規定不計入母公司之課稅所得額，惟應以合併基準日做為分配日，按所得稅法第66條之6規定計算可扣抵稅額，併同股利或盈餘分配申報。另合併存續母公司在辦理消滅之子公司合併當期或前一年度未分配盈餘申報時，得依所得稅法第66條之9第2項第3款規定，將上開視同分配予母公司之股利中屬合併當年度決算所得額或前一年度未分配盈餘部分，分別列為計算消滅之子公司合併當期或前一年度未分配盈餘減除項目。
南區國稅局舉例，國內A、B公司於103年間進行合併，A公司係B公司之唯一股東持股100%，合併基準日為103年9月1日，A公司以對B公司的出資額3,000萬元為合併取得B公司資產淨值4,000萬元之對價，稅額扣抵比率為10%，此時應將出資額與取得資產淨值之差額1,000萬元列為 A公司103年度之投資收益，不計入A公司之課稅所得額，另將可扣抵稅額100萬元（1,000萬元*10%）列入A公司之股東可扣抵稅額帳戶。另申報B公司103年度未分配盈餘時，得將該1,000萬元列為103年度未分配盈餘之減項。
國稅局提醒營利事業如遇合併情事，合併消滅公司應依法令規定辦理未分配盈餘申報，以免因逾期申報而遭加徵滯、怠報金情事。
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