臺南市政府衛生局為保障市民食品安全及提振對食品安全之信心，103年度起各業務科（食品藥物管理科、衛生稽查科）分工合作，除加強稽查頻率外，更不定期至轄內食品工廠，全市各區傳統市場、超市、攤販，以及大賣場加強抽驗各類食品，檢驗是否符合食品衛生標準，另疾病管制科也至轄內營業場所，如游泳池業者、溫泉業者不定期進行稽核營業衛生及抽驗水質之工作，103年檢驗項目，包括殘留農藥、殘留動物用藥、食品摻偽西藥、中藥摻偽西藥、真菌毒素檢驗、食品重金屬、食品添加物、食品清潔劑之重金屬，游泳池水質衛生、溫泉水質衛生，以及傳染病梅毒、愛滋病…等，共檢驗高達64,693件，193,799項次，再創歷年抽驗數量新高，如將全數抽驗之檢體委外檢驗，以衛生福利部食品藥物管理署（TFDA）的收費標準來計算，103年的檢驗件數如全數委外所需經費為5千8百萬元，然全部皆由本局檢驗科自行獨力完成所有檢驗，只需花費1千5百萬元，已為市府撙節經費高達4千3百萬元。
根據調查，國人對於政府施政項目最不滿意的10大排行榜中，食安事件名列前茅，而這幾年食安事件經常佔滿媒體版面，民眾不滿之情緒日漸沸騰，去年又接連發生豆乾含工業色素二甲基黃、二乙基黃及鴨血含雞血之食品事件，造成市民對於政府在食品安全的管理漸失去信心，為力挽市民對食安的信任及保障市民食品安全信心，衛生局林聖哲局長要求食品安全管理應落實執行，從源頭管理做起，自食品供應廠商、食品工廠，一直到傳統市場逐步進行嚴謹的抽驗工作，以期許提高市民更安全的消費品質，也讓不法的商人無所遁形。
103年衛生局為強化檢驗設備，又增添購置一台氣相質譜分析儀（GC/MS），主要執行及充實食品和中藥摻偽西藥之檢驗，102年可執行之檢驗項目檢驗為645項，至今103年檢驗項目已大幅擴增至730項，為未來的食安做更週全的維安工作，期望未來的大台南在更精密的儀器設備及工作人員努力不怠，能更創佳績來保護市民食的安全。
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