訂定本市各區公所共同適用之組織規程―分級設課，整合課室資源，讓人力的運用達到最高效益
壹、緣由
囿於行政院員管制上限之規定，合併後臺南市編制內人力相較其他四都實屬不足，且市府員額總數三成配置於區公所，比例為五都中最高(次高之臺中市僅23.87%)，導致市府其他機關員額比例較其他直轄市同性質機關低，為使員額合理配置，紓解各局、處、委員會人力不足之窘境，爰本府檢討各區公所之組織編制。
另合併前，各鄉鎮公所為自治法人，員額與組織架構基準不一，改制後，37個區公所仍分別適用37個組織規程，並有人口數較少的區，課室數反而比人口數多的區要多的不合理現象，為期法制經濟，乃研訂本市37個公所共同適用之組織規程，分級規範公所組織架構及業務職掌。
貳、研商過程
有鑑於本市各區公所員額比例在五都中相對偏高，本府於合併後即控管公所職務出缺不補，並先由監督機關民政局研擬草案，再經相關局處多次會議研商，期間邀請部分區長參加專案會議，人事處再於區政業務協調會報中向各區長提出報告，獲致共識。
依地方行政機關組織準則第13條規定，人口未滿40萬人之區，內部單位不得超過9課室。本次調整，於行政區域不變下，區公所課數依人口數劃分為四個等級，另設人事室、會計室、政風室(或僅設人事管理員、會計室)：
一、人口15萬人以上之區，設民政課、經建課、工務課、社會課、人文課、行政課等6課。(東區、安南區僅設5課，其未設工務課，業務由經建課掌理。)
二、人口6萬人以上未滿15萬人之區，設民政課、經建課、社會課、人文課、行政課等5課。(新營區將經建課分設工務課，民政課、人文課合併為民政及人文課。)
三、人口1萬人以上未滿6萬人之區，設民政及人文課、農業及建設課、社會課、行政課等4課。
四、人口未滿1萬人之區，設民政及人文課、農業及建設課、社會及行政課等3課。
因應本市以文化之名立都，各所均設有人文課，其專設或與民政課合設。另臺中市、高雄市區公所組織架構，亦將農業課與建設課合設。
次依行政院農業委員會函示，動物傳染病防治條例第2條規定，動物防疫主管機關於直轄市為直轄市政府，縣市合併改制為直轄市後，動物防疫業務即由直轄市政府辦理，復因區公所非動物防疫機關，故原鄉(鎮、市)公所獸醫人員應回歸納編入直轄市動物防疫機關，並派駐區公所落實辦理動物防疫業務，爰配合各區公所共同適用之組織規程及編制表訂定，自102年4月1日施行，將區公所現有獸醫隨同業務移撥動物防疫保護處，並仍派駐各區公所服務。
參、效益
一、法制精簡
現行37個區公所組織規程，改以1個組織規程規範，效果相同，可免去修法的繁瑣與法制競合解釋的困境。
二、因地制宜
依各行政區服務人口數及產業與地方需求的不同，區公所課數劃分為四個等級，分別設置合理的組織配置，因地制宜。
三、資源整合
課室整併，挹注不同專業，資源整合，可減少橫向溝通介面，整體人力、經費的運用更能有效發揮。
本府農業局人力佔員額上限比例為1.4%，比例為五都最高(次高為高雄市之1.3%，臺北市無農業局，農業業務由產業發展局農業發展科辦理)，一級機關農業局負責規劃、擬定農業政策，並督導、輔導各區公所執行農業政策。市民原向公所申辦之業務，嗣後仍就近向公所申辦，不減損、不影響民眾權益，執行過程更將追求便捷與效率，提升服務效能。
農業發展不只是農業產銷、推廣面向，還有建設課職掌之農路改善、農村建設等硬體建設面向，農業課與建設課合併後，不但不影響農業業務的推動，更可藉由軟硬體面向資源統合，發揮最高效能，由於二課現有承辦人力維持不變，遇有災害、緊急事故，業務突然增加，課長即可將人力、經費統一調度運用。
此外，因課室整併而超額之課長、主任，仍留用於各區公所，現職人員權益均能獲得保障，留用期間區長將指派其辦理特定專案業務或協助核稿，並非冗員或坐領乾薪，出缺後改增補承辦人力，如係以農業為主之區，可改派現職農業課長擔任農業及建設課長，讓所有人力的運用達到最高效益。
