《軒轅劍參外傳．天之痕》故事，發生在《軒轅劍參》之前一百五十年前的中國。
時代是中國的隋朝。北朝名君隋文帝，在派兵消滅了南朝陳國後，結束了中國南北朝幾百年來長期之分裂局面。陳國遺民悲痛祖國亡滅，在公元六○一年，集結了數萬兵馬，興兵反抗，意圖復興故國。隋文帝立即下令平亂，然而讓陳國反抗軍訝異的是：朝廷的平亂部隊竟然只有二十人不到之兵馬，而為首之人，竟是一位年僅十歲之少年！這位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的「黃金之劍」，在僅僅一擊之間便將數萬陳國反抗軍馬一瞬消滅殆盡、灰飛煙滅。神秘少年與天下無敵之黃金劍（軒轅劍）威名，自此令所有人聞之色變，再也沒人敢起兵反叛朝廷。 五樣上古神器……
十六年後，隋煬帝時代──男主角陳靖仇奉師父之命，踏上尋找傳說中五樣中原上古神器之旅。陳靖仇是陳國後裔，在襁褓時代隋朝四處搜捕陳國遺族時，他的師父陳輔犧牲了自己的孫兒，冒險將陳靖仇替代救出。陳輔將自己復國的願望，全落在幼小的陳靖仇身上（陳靖仇之名，即是「靖北虜，復國仇」的意思）。由於十六年前歷經那場驚心動魄之噩夢，師父深知自己絕對無法敵過那位手持軒轅劍的神秘少年，所以決心改換方式，開始四處尋找傳說中能讓人獲得天下之五樣上古神器──伏羲琴、神農鼎、崆峒印、崑崙鏡、女媧石，打算收齊它們，以它們的力量來復興故國。
《天之痕》故事，就隨著這場艱辛的復國之旅，逐頁展開....
上古十大神器
(煉妖壺)
古稱九藜壺，乃上古異寶之一。擁有不可思議之力，據說能造就一切萬物，也有驚人之毀壞力量。內部有著奇異之空間，空間之大似能將天地收納於內。
(崑崙鏡)
仙人故鄉崑崙山中的崑崙天宮中，傳說有一面神鏡，擁有自由穿梭時空之力。但在一次仙人之盛會中，神鏡被人所偷，自今下落不明。
(女媧石)
人類之母女媧，捏土造人、煉石補天，並幫人族收伏許多妖魔，自古為神州人民景仰。相傳女媧曾為救自己病故之愛女，將自己萬年修為貫注於一顆昔日補天所餘的五彩玉石上，自此該靈石就具有特別之力。
(崆峒印)
崆峒海上不死龍族的護守神器，其上刻塑有五方天地形貌，並有玉龍盤繞。自古相傳得到它的人就能擁有天下，也有人傳說它能讓人不老不死。自古許多方士紛紛出海找尋此印，但最後都只是踏上不歸路。
(神農鼎)
古稱造物鼎，上古時代神農氏為蒼生而遍嘗百草，也為後世奠定醫學基礎。神農氏昔日煉製百藥之古鼎，正因積聚千年來無數靈藥之氣，據說能煉出天界諸神亦無法輕得之曠世神藥，並隱藏其他神秘之力量。
(盤古斧)
傳說渾沌之初，盤古由睡夢中醒來，見天地晦暗，遂拿一把巨大之斧劈開天與地，自此才有我們的世界。此斧具有分天開地、穿梭太虛之力，威力不下軒轅劍。
(東皇鐘)
下落不明，力量不明。一般傳聞它是天界之門，但據天山石窟中諸神時代殘留之古老壁文記載：東皇鐘乃十大神器力量之首，足以毀天滅地、吞噬諸天。
(伏羲琴)
伏羲以玉石加天絲所製成之樂器，泛著溫柔的白色光芒，其琴音能使人心感到寧靜祥和，據說擁有支配萬物心靈之神秘力量。
(昊天塔)
原為天界重寶，擁有浩大無儔之力，據說能降一切妖魔邪道，必要時仙神也可降服；但後因不明原因而下落不明，無人知曉其下落。
(軒轅劍)
黃金色之千年古劍，傳說是天界諸神賜與軒轅黃帝擊敗蚩尤之曠世奇劍；其內蘊藏無窮之力，為斬妖除魔的神劍。
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