1650年荷蘭巴達維亞方面，從西班牙耶穌會傳教士口中略知重要情報：中國可能正在改朝換代。巴達維亞方面行文到臺灣要求臺灣長官Nicoläs Verburg（即尼高勞氏攀直武錄）直接與廣東靖靖南王聯絡，並積極與韃靼人政權聯絡希望能重開直接對中國貿易的大門，這些官方行文中也可見到「北港」這個指稱，如1653年(順治10年)五月初三廣東巡撫李樓鳳引述：
§平南王諭荷蘭國台灣虞文礁律管理北港地方等處事尼高勞氏攀直武錄知道…若僅以貿易為言，我大清敦詩說禮，貴五穀而賤珠玉，又何利焉？
§《巴達維亞城日誌》收錄靖南王耿繼茂諭文的荷蘭譯本，其中稱Nicoläs Verburg為「統治Packan及其所屬領土的大員之荷蘭長官」
§1655年荷蘭再派使節至廣東將求請直接通商的文書呈給廣東平南王與靖南王〈譯荷蘭國與兩王文〉：「荷人近至廣海，初在北港，著人前去做交易勾當，不料做不成回來…」此文寫於七1655年七月十三，有巴達維亞總督J.Mätsuycker署名。
§1726年刊行的《新舊東印度誌》解釋北港地名的來由：「土著稱這個大島為Pak-an或Pak-ande，中國人稱為大琉球。」該條轉引自R.W.Campbell所著Formosa under the Dutch 。
以上四條史料與上述九條東印度公司的記載可知，當時廣東官方也使用「北港」這個字樣，指稱荷蘭在臺灣的所在地。至於「北港」是否源於福爾摩沙島上的土著自稱則尚待釐清，唯可肯定，廣東官方對荷蘭人所在地的稱呼顯示出高度一致性，即遲至十七世紀中廣東官方雖也使用臺灣一詞，但也同時使用北港，且不論北港究竟地點為何—但地點似乎不是關鍵，因為荷蘭人先在大員這個被他們稱為Zeelandia的小島築堡，而大島則稱北港—顯然北港已是對一大島的泛稱，值得注意的是，根據明嘉靖到萬曆年間（16世紀中到1620年間）成書《續文獻通考》的記載：雞籠山在澎湖嶼東北故名北港，同樣的說法（指以位置形勢的汎稱，而非某地點）亦可徵於以下史籍：
§《讀史方輿紀要》：「澎湖為漳泉門戶，而北港即澎湖之唇齒，失北港，則唇亡齒寒；不特澎湖可慮，即漳泉亦可憂也，北港在澎湖東南，亦謂之臺灣。」
§《名山藏》：「雞籠、淡水夷在泉州澎湖嶼東北，名北港，又名東番」
§《東西洋考》〈東番考〉【雞籠淡水】條：
雞籠山、淡水洋在澎湖嶼之東北，故名北港，又名東番。深山大澤，聚落星散，凡十五社…嘉靖末，遭倭焚掠，稍避居山後。忽中國漁者從魍港飄至，遂往以為常，其地去漳最近，故倭每委涎閔中，貞探之使，亦歲一再往。
以上四則對北港的說明，首先妇王圻、顧祖禹、何喬遠、張燮四位作者皆嘉靖末或萬曆年間的作者，而王圻《續文獻通考》成書雖稍早於顧、何，但所面對的際會卻都是來自閩浙沿海，日本、佛朗機人要求通商的局勢，因此共同的焦點是澎湖，並延長到北港。
因此，對北港的確實地點似忽模糊，皆以汎稱式的相對位置形勢參照出北港，可見北港在十六世紀末到十七世紀中國官方的認知裡還未精確到特指某個地點，反而是指澎湖東北或東南海域上一個相對於雞籠山的地方。
中國官方對崛起中的離島所使用的措詞顯然只注意到「唇亡齒寒」的海防意義；但民間或更廣泛的海上活動則不然，從流傳於海員漁民間的針路簿，卻能發現北港的區位函義（也許並不是指某一個地點）。
§《順風相送》〈松蒲往呂宋〉：自柯子門 開船…若不見山，用丁末，二更 見小琉球雞籠頭山。巡山使上（即沿台灣海岸南行）用丙五，六更見北港 沙馬頭大灣山 。
§《指南正法》〈東洋山形水勢〉：澎湖暗澳有媽祖宮，山無尖峰，嶼多，乙辰五更取蚊港，蚊港亦叫台灣，係是北港，身上去是淡水上是圭籠頭下是打狗子。
§《指南正法》〈咬留巴 回長崎日清〉：乙丑年四月廿八(自雅加達)在澳內開船…(回航已經一個月故為六月)初三日見舡仔十餘隻，並見北港大山在東南勢…初四日艮寅六更暗平圭籠頭。
§《指南正法》〈咬留巴往臺灣日清 〉按向注更為《長崎往大泥日清》：（十一月 ）廿七用丁末，下午平東湧(東引)外過，用丁末，暗，平白犬，開，夜用丁末及末，七更，光，見北港大山，在東勢過。
§《指南正法》〈大泥回長崎日清〉：（戊子年六月十二）「…開，暗，平戶門，夜用單艮五更，光，見北港大山南勢。」
以上五則有關北港的針路簿史料透露了幾件事妇北港有時是海上航道的一個參考點，如見北港大山、北港沙馬頭大灣山。专蚊港又叫台灣就是北港。将這些與北港有關的航線描述，多半是由九州到東南亞途中，並且有些船會通過台灣海峽因此才能恰也看見有東湧、白犬、或大山在東或南。
但有幾點值得詳加討論：蚊港又叫台灣即是北港，這點與上述無論來自荷蘭或中國官方史籍記載的「指稱方式」並無衝突，而且加強了「北港」作為區域名辭的泛稱性。
「蚊港（魍港）」二字在明人文獻如《東西洋考》、《續文獻通考》中收錄了同樣的記載，如中國漁者從魍港飄至，遂往以為常…。蚊、魍兩字皆借音wan、van、ban等唇暴清音系的轉換，蚊港是魍港亦可徵於清代地方志，但如何裡解《東西洋考》東番考雞籠淡水條：雞籠山、淡水洋在澎湖嶼之東北，故名北港…中國漁者從魍港飄至（北港）這段話？一種可能是北港指臺灣北部，且符合澎湖嶼之東北，而魍港是魍港，即今嘉義縣臺南縣界八掌溪口。另一可能，北港不是一個地方，而是如針路簿上的相對位置記法，因此北港是臺灣西南海域上緊靠「那個島」的安全水域的泛稱。
晚明至康熙間對「北港」的記載雖然含混相歧，但可以肯定的，無論從陳阻綬的《皇明職方地圗》、《續文獻通考》、《東西洋考》、《指南正法》等晚明著作都可發現將北港等同或視為是一個島的措辭。而在荷蘭方面則清楚區分，福島被中國人稱為Pockan(北港)，而稱為大員的小島，我們稱為Zeelandia。
嘉靖後中國史籍對北港的記載多半以倭亂或佛朗機人侵擾的糾紛為措辭，但中國官方所關注的海防機要，在日、荷、西或海外華商集團的眼中其實是只東亞貿易的方便門，而北港，正如上陳史料所指地近漳泉，內尚未稱國，外也不受中國管轄的離島，這點甚為明顯，中國政府要荷蘭人退出澎湖，並告知荷蘭人可以去北港，荷蘭東印度公司據北港為基地是得到中國官方默許的。
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