藤堂平助（1844-1867），是新選組八番隊的組長，因出身於近藤勇的試衛館道場，故亦為新選組的元老隊士之一。池田屋事件時，藤堂雖為新選組中最初攻入池田屋裡之四人中的一人，卻因為一時疏忽，遭人砍傷額頭。之後新選組在江戶進行大規模隊士募集活動時，藤堂積極地邀請伊東大藏（後改名為伊東甲子太郎）入隊。後來為了貫徹尊王攘夷的思想，藤堂追隨伊東甲子太郎脫離新選組，而加入了御陵衛士（高台寺黨），最終在油小路事件中遭新選組所斬殺。
〈劇情攻略〉
藤堂是個具有鄰家小弟氣質的少年，剛認識他的さくら卻只覺得他是個自恃劍術高強，而看不起女孩子的傲慢傢伙。然而，靜下心來聽他說話才會了解，他其實只是個太過單純，說話不經大腦的孩子罷了。如果跟他講清楚生氣的緣由，他也會誠心誠意地道歉和檢討。
池田屋事件時，藤堂和永倉新八、さくら一起衝入池田屋的一樓，揮刀斬殺了不少維新志士。然而，藤堂卻因一時失神，而被抵抗的志士砍中額頭，鮮血直流，之後遂一度暫停任務，遠赴江戶的療養所養傷。
在江戶療養的期間，藤堂遇見了一位對締造日本未來有著相當熱情的男人伊東大藏，便迫不及待地將他推薦給局長近藤勇。之後近藤與伊東一談傾心，遂力邀伊東加入新選組，成為新選組的首任參謀──伊東甲子太郎。
雖說伊東與近藤一度相談甚歡，但兩人的思想其實有本質上的差異。伊東是徹頭徹尾的勤皇派，而近藤則較傾向佐幕，兩人遂在慶應3年（1867）分道揚鑣──認同伊東理念的15人脫離新選組，另組以守護天皇御所和孝明天皇陵墓為由的「御陵衛士」。
決定跟隨伊東脫離新選組的其中一人，就是推薦他加入新選組的藤堂。然而，藤堂雖因仰慕伊東而決定離開近藤所主持的新選組，卻有個始終放不下的人。
在離開新選組的前夕，藤堂向さくら告白，希望她和他一起走。さくら儘管也對藤堂傾心，但想到自己歷經父親拋棄一手創立的劍術道場、母親改嫁等變故，幸得會津藩主松平容保之姊照姬的介紹，才能加入新選組，得到了一個安身立命的所在，如果要跟著藤堂脫離新選組的話，豈不是背叛了照姬？
聽了さくら的想法，藤堂雖覺得有些遺憾，但至少得知了兩心相通的事實，又何必在乎朝朝暮暮？然而，因為理念不同而出走的御陵衛士，或許有一天會成為新選組的敵人……
「我……比誰都喜歡妳，即使要被妳手刃，我也不會後悔。」藤堂突然說出了這樣的話。
「平助君……」さくら雖覺得說出這樣的話有點不吉利，但藤堂決心將自己的生命交給她，卻反映了對她的一片深情。
御陵衛士那一夥人，在表面上雖是很和平地脫離了新選組，然而理念的不同，卻使得雙方的距離愈來愈遙遠，終於因為坂本龍馬的暗殺事件，使得衝突一發不可收拾。
坂本龍馬出身土佐，抱有改革日本的願望，但卻與佐幕及倒幕兩派的人物都有交情，可說是幕末的一位奇男子。不過，對さくら來說，這傢伙應該算是不時在新選組屯所出沒，與新選組若即若離的怪人吧。
大政奉還後的某日，近藤勇獲知了「見迴組」（由旗本御家人組成的京都守護組織）計畫暗殺坂本的消息，趕緊派山崎烝、原田左之助和さくら前去坂本所在的近江屋打探消息。同一時間，伊東也接到薩摩大久保一藏的通知，說是有人準備暗殺坂本，急忙派藤堂、篠原泰之進等人趕往近江屋。
沒想到當さくら他們抵達近江屋時，坂本已經遭到襲擊，奄奄一息，他們正想爭取時間，將他送醫急救，沒想到卻出現了薩摩的中村半次郎，一口咬定是新選組殺了坂本，直教左之助氣憤難當。便在此時，藤堂等人也剛好趕到，現場陷入一片尷尬。
篠原泰之進原本就對新選組抱持許多不滿，在中村的挑撥下，完全靠向薩摩，也加入指責新選組的行列。然而，對藤堂來說，他昔日在新選組之時，便與左之助有很好的交情，尤其還有さくら在，所以他完全不相信眼前這幾位過去的同志會是兇手。但若說這件事與新選組一點關係都沒有，他心裡也有點保留。因為適才御陵衛士一行趕往近江屋的途中，曾遇見新選組的大石鍬次郎，此人平時看起來就一副陰沉的模樣，又總是以殺人為樂，當時他身上還沾有血跡，似乎才剛殺了人的樣子，問他殺了誰又不太想說……這個傢伙真的相當可疑！
事後篠原對外一再散播新選組暗殺坂本的謠言，近藤勇為了阻止事態的擴大，遂邀約伊東見面商談。然而，在與伊東見面之前，近藤和土方卻已預先沙盤推演，如果雙方不歡而散，就要像當初對芹沢鴨的處理方式一般，讓伊東從這個世界上消失！
得知這場會面的藤堂，即使並不確知近藤和土方的計畫，但也有了御陵衛士與新選組將可能正式決裂的預感。於是他將さくら約了出來，告訴她自己對大石的懷疑，然後苦笑著說，也許下次見面就是敵人了。
「即使要被妳手刃，我也不會後悔。」藤堂正色道。
再次聽見這句話，さくら只覺得像是預示著什麼。如果可以的話，當然不要和平助君刀刃相向，但是這種想法會不會太單純了呢……
近藤和伊東的會面出乎意外的平和，伊東雖表明不會再與新選組同一陣線，但也保證御陵衛士不會成為新選組的敵人。近藤接受了伊東的誠意，也傳令取消暗殺計畫。然而，嗜殺的大石卻無視於近藤的命令，仍然按照原定計畫，在油小路截殺了伊東。
聽見伊東的死訊，近藤和土方雖對大石的違令又驚又氣，但既然已經造成這個事實，也只好殲滅御陵衛士，免得夜長夢多。於是他們將伊東的屍體留在油小路，設下埋伏，等到御陵衛士前來收屍，再將他們一網打盡。
像篠原這種對新選組充滿偏見的人，殺了其實大快人心，但如果殲滅的對象也包括藤堂在內，昔日與他稱兄道弟的夥伴們實在狠不下心，於是近藤下令，盡可能保全藤堂。
但藤堂卻無法接受昔日夥伴的好意，因為這樣便意味著他背叛了御陵衛士的同志們，這對他來說也難以忍受。
最後，浴血奮戰的藤堂衝到了さくら的面前，表明要和她一決生死。面對藤堂的堅持，さくら選擇了正面回應，因為她知道自己的劍技在他之下，既然事態已到這種地步，不如就死在他手裡吧。
さくら咬著牙，刷地揮出一劍，滿以為自己就會這樣在世上消失，倒下的卻是藤堂。因為，藤堂根本沒有揮劍。
「平助君？！」さくら慘呼一聲。
藤堂倒在さくら的懷中，勉強擠出一絲笑容，說道：「我終究還是無法對妳揮劍……」
──即使要被妳手刃，我也不會後悔。
さくら想起他一再說出的這句話，如今一語成讖，不禁痛哭失聲。
看著他的雙眼慢慢闔上，さくら的情緒終於失控。
「我不要這樣！」狂呼聲中，她反轉刀鋒刺向自己，決定追隨藤堂到另一個世界去……
新政府成立後，與幕府間爆發了以鳥羽伏見之戰為序幕的戊辰戰爭，在鳥羽伏見之戰中慘敗的新選組回到江戶，又組織了甲陽鎮撫隊，意圖奪下甲府，不幸亦吃了敗仗。因為，以劍為主的戰爭時代已經過去了，新選組的成員們死的死、散的散，幕末那曾經的輝煌時代一去不返。
「江戶的集合地點究竟在哪裡啊……」落單的大石鍬次郎正在考慮著。
「你已經沒必要去想這種事了。」一個男人的聲音突然響起。
大石愣住了。這聲音，似乎在哪裡聽過……但是，聲音的主人應該早就……
「好久不見了，大石先生。」出現的人是……藤堂平助！等等，還有……還有木本さくら！
「你該不會已經忘了我們吧？」さくら問道。
原來當時在新八和左之助的幫助下，將兩人從鬼門關前拉了回來。但藤堂始終沒有忘記大石殺死伊東之仇，於是親手解決了那傢伙。
而這一幕，恰巧被昔日的同志齋藤一看到了。
「今後打算怎麼辦呢？」齋藤問道：「要回新選組嗎？」
「不了……我們應該是已死的人，況且……」藤堂笑著說：「我也要拋棄劍了。」
「拋棄劍以後有什麼打算呢？」齋藤又問。
「雖然和伊東先生一起的夢想已經無法實現，但是我還有另一個夢想。」藤堂正色道：「我想實現這個夢想。」
「夢想？什麼樣的夢想？」さくら問道。
「跟喜歡的人在一起、生兒育女，過著這樣平凡生活的夢想。」藤堂微笑道。さくら想起來了，藤堂曾經跟自己分享過他的夢想，他說想告訴生下來的孩子們，未來是充滿希望的。
「所以，趕快生下我的孩子吧！」藤堂一臉期待地說著。
「孩……孩子？」
「老大的話，先生個男孩吧……」藤堂道：「來生個像伊東先生的男孩好了！」
「……」
「怎麼生氣了？那不然生個像近藤先生的男孩吧！」
「不理你了啦！」
兩人的幸福未來似乎是可期待的呢。
在玩到藤堂死掉、さくら殉情的時候，我突然想，這該不會是最慘的結局吧？沒想到結局居然峰迴路轉，安排兩人死而復生，還向大石復了仇，真是令人舒了一口氣啊。不過呢，在其他人的路線裡，藤堂之死是必然的劇情，近藤還為此對大石發了好大一頓脾氣呢。
至於坂本之死，遊戲中一開始的處理其實有點曖昧，因為玩家從新選組方面獲知見迴組的行動後，視角隨即轉到薩摩，又得知大久保一藏（後改名「利通」）對坂本寬待幕府的不滿，而中村半次郎在近江屋的現身與作為，更充滿了曖昧的態度。不過，在齋藤一的路線裡，遊戲又借齋藤之口說出是大石下的手，後來齋藤也因此殺了大石，故可以確定遊戲是持大石下手說。但在大河劇「篤姬」中，坂本是被一群闖入的人所殺，這些人一律身著黑衣、頭縛黑帶，應是屬於某一組織，可看起來又不像新選組，也許該劇是持見迴組下手說吧？
