行政院因應莫拉克颱風嚴重災情，為深入災區，提供災民最即時的服務，於11日成立「行政院莫拉克颱風災區服務小組」，指定內政部等8個部會，由副首長領隊，自8月12日起赴6個受災嚴重縣市成立服務小組。
行政院指定部會進駐地區分別由內政部及國防部負責高雄縣，法務部、環保署負責屏東縣，經濟部及衛生署負責臺南縣，農委會負責臺東縣，其它參與部會成員尚包括財政部、青輔會、勞委會、原民會、客委會等。對於其他受災縣市，則由行政院中部、南部及東部聯合服務中心就近服務。
行政院表示，災區服務小組係根據當地救災特性及需求，指定負責的部會，主要工作包括協助農業災損及修護、身份證及健保卡等證件（或臨時證件）補辦、災後貸款申請、法律諮詢、防疫及環境整理、安置重建、協助物資輸送等工作。對於民眾諮詢或申請案件以即時說明、現地解決為原則；無法立即完成者，行政院也要求須限期辦理完竣。
行政院並表示，各機關對災區服務小組，應簡化流程，全力支援，提供一切必要協助，並希望各服務小組與各級救災指揮中心密切配合，全力作好救災工作，協助受災民眾儘速重建家園。
走過風雨，攜手重建，各部會相關重建濟助措施匯整如下：
●行政院災害防救委會員
莫拉克颱風救災專區
http://www.ndppc.nat.gov.tw/eoc/index.html
●行政院
民眾與企業各項濟助
http://www.ey.gov.tw/public/Attachment/98141055871.pdf
各部會負責工作
http://www.ey.gov.tw/public/Attachment/9814106971.pdf
●新聞局
莫拉克颱風災後救助及紓困資訊
http://info.gio.gov.tw/ct.asp?xItem=50254&ctNode=4567&mp=1
「走過風雨 攜手重建」風災復原重建
http://info.gio.gov.tw/lp.asp?CtNode=4567&CtUnit=1101&BaseDSD=7&mp=1
●內政部
八八水災應變處理專區
http://www.moi.gov.tw/news.aspx?type_code=08
●教育部
災區學生就學扶助 (2009/8/11)
http://www.moe.gov.tw/news.aspx?news_sn=2695
●衛生署
醫療防疫救災資訊
http://www.doh.gov.tw/CHT2006/DM/DM2.aspx?now_fod_list_no=10735&class_no=455&level_no=1
災地區醫療服務及衛生醫療體系緊急應變處置 (2009/8/12)
http://www.doh.gov.tw/CHT2006/DM/DM2_p01.aspx?class_no=455&now_fod_list_no=10735&level_no=1&doc_no=72580
受災之民眾全民健保就醫協助方案 (2009/8/13)
http://www.doh.gov.tw/CHT2006/DM/DM2_p01.aspx?class_no=455&now_fod_list_no=10735&level_no=1&doc_no=72604
●勞委會
天然災害勞工出勤權益
http://www.cla.gov.tw/cgi-bin/siteMaker/SM_theme?page=4a4d70ed
天然災害災後就業服務作業要點
http://www.evta.gov.tw/content/content.asp?mfunc_id=12&func_id=12&type_id=0&cata_id=&id=15337
協助莫拉克災害復員重建相關措施 (2009/8/13)
http://www.cla.gov.tw/cgi-bin/Message/MM_msg_control?mode=viewnews&ts=4a83ae1f:40de&theme=&layout=
天災臨工申請與災區勞保相關權益 (2009/8/13)
http://www.cla.gov.tw/cgi-bin/Message/MM_msg_control?mode=viewnews&ts=4a83f3ac:10e5&theme=&layout=
●農委會
農業天然災害救助辦法
http://www.coa.gov.tw/show_lawcommond.php?serial=9_cikuo_20040917172144&type=&code
農業天然災害現金救助地區：嘉義市、南投縣 (2009/8/13)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_kwl_20090814085455
農業天然災害現金救助地區：臺南市、彰化縣、臺中縣 (2009/8/12)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090813083143
農業天然災害現金救助地區：雲林縣及嘉義縣 (2009/8/11)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090811181039
農業天然災害現金救助地區：南投縣、彰化縣、臺中市及臺南市 (2009/8/11)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090811172840
農業天然災害低利貸款地區：雲林縣、苗栗縣、嘉義縣及嘉義市 (2009/8/10)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090810173333
農業天然災害現金救助地區：臺南縣 (2009/8/10)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090810174309
農業天然災害現金救助地區：臺東縣 (2009/8/10)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090810174607
農業天然災害現金救助地區：花蓮縣 (2009/8/09)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090810100927
農業天然災害現金救助地區：高雄縣及屏東縣 (2009/8/09)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser3_20090810134500
農業天然災害低利貸款地區：澎湖縣 (2009/8/14)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090814160109
農業天然災害低利貸款地區：高雄縣、屏東縣及花蓮縣 (2009/8/09)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090810145424
農業天然災害低利貸款地區：臺中縣、臺南縣及臺東縣 (2009/8/09)
http://www.coa.gov.tw/show_communique.php?cat=show_communique&serial=coa_webuser1_20090810150412
●經濟部中小企業處
莫拉克颱風受災企業協助措施 (2009/8/10)
http://www.moeasmea.gov.tw/ct.asp?xItem=8109&ctNode=168&mp=1
莫拉克風災災害救助及專案貸款相關措施 (2009/8/10)
http://www.moeasmea.gov.tw/public/Data/98111761571.pdf
●金管會
莫拉克颱風災害專案貸款金融協助措施 (2009/8/11)
http://www.fscey.gov.tw/ct.asp?xItem=6269233&ctNode=1503&mp=2
莫拉克颱風受災戶災後重建金融協助措施 (2009/8/09)
http://www.fscey.gov.tw/ct.asp?xItem=6260133&ctNode=1503&mp=2
●行政院公共工程委員會
莫拉克颱風災後復建技術協助網
http://www.pcc.gov.tw/pccap2/TMPLfronted/ChtIndex.do?site=002
●交通部運輸研究所
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