在西方藍色一般是男孩的顏色。在伊斯蘭教中，藍色是一種純潔的顏色。在英文中，藍色與憂鬱都是『blue』。藍色是給人一種既親切又冷漠的感覺。藍色總是和青春、愛情糾纏不清。一切的一切開始在海天相連的堤岸上奔跑追逐的兩個男孩。一段開始於被老師規定的友情，兩個男孩在無法說出口的拒決情況下牽起了難以分解的緣份。
康正行，從小品學兼優但卻無辦法反抗社會體制加之於他的一切束縛。他的生命型態乍看令人稱羨，但他知道自己的靈魂早就被禁錮了，被班長的身份、被父母的期望、被老師的期待長期軟禁。為了做好他人眼中的好孩子形象，他總是中規中矩的，即便在沒人看見的地方，也不敢做出任何越矩的行為。因此，就算他的內心再怎麼不願意遵守老師的規定，他還是陪伴在守恆的身邊。無法拒決守恆的任何要求。
余守恆，父母師長眼中的過動兒、問題小孩，總是不按牌理出牌令人摸不著頭緒。在他脫序的行動中流露出不經意的聰慧。害怕寂寞的他同樣的隱藏自我，以眾人以為的那個假象在世人眼中出現。總是賴在正行的身邊不願離去，即便他已經有能力可以處理自己的人際，有能力讓許多人為他歡呼，他還是不肯讓他的好友正行離開他的視線，不容許這段關係受到任何的侵犯。
杜慧嘉，生長在父母離異的家庭中，為了反抗父親從香港來到花蓮的小鎮投靠母親。是個忠於自我而叛逆的女孩，敢愛敢恨的她，糾纏在正行與守恆兩個偶身之中，最率性的呈現，以微弱的力道，隱隱扎著兩個木然的身軀。也讓兩個男孩，原本平靜澄藍如海的關係慢慢的泛起漣漪。
壓抑的正行長期以來看著身邊奔放的守恆，一個和自己完全相反的生命型態，不自覺的迷戀起這個看似自由的靈魂。慧嘉的出現，將正行推向那個隱藏已久最深沉的慾望，他知道自己長久以來總是說不出口的「我不要」，便是來自於這最深最原始的慾望，之後的日子他一直活在藍色的憂鬱之中，為了自己而不出口的渴求，他不拼了命的想壓抑奔放的情慾。
純真的慧嘉，在發現了正行不為人知的密祕後，從一開始的妒火中燒到之後看著自己愛的男人為情所苦，她不禁想要推他一把。想扮起兩人之間的橋樑，積極的希望正行面對最真的自己。卻與守恆弄巧成拙擦出了火花。害怕寂寞的守恆因而喜歡上慧嘉。
整部片的步調由此刻轉向灰藍，原始人性的掙扎在此刻顯露無遺。無法說出口的情慾、無法面對的自己、無法昭示天下的戀曲，看似平和的日子底下藏著不為人知的掙扎。最後再也回不去了，那個夏天，因為我們都長大了，長大的我們需要面對許的難以忍受的真相，並和這些真相和平共存在這個世界。
所以守恆選擇再度回到大海，面對靛藍的海揭開自己內心一直不願面對的自己。他知道正行是被規定做他的朋友的只是他沒說，他也知道後來的正行喜歡上他了，所以他任性的在正行面前、予取予求。正行終於將自己不能說的話說出口了，「我從來就沒有想要做你的朋友。」、「我喜歡你」，他卸下長久以來禁錮他的枷鎖。他們在波濤洶湧的海中面對了自己，將自我重新洗滌至最原始的自己，在純真的慧嘉面前，他們宛若重生。
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