與HONDA在二輪市場針鋒相對的YAMAHA，在機車領域算是一等一的品牌，該廠於1998年初推出了第一代旗艦YZF-R1，讓當時頗為風光的HONDA CBR900RR倍感壓力，更間接促成Fire Blade的誕生，換句話說YZF-R1是個可敬可畏的對手，更將1000c.c.機車大戰炒至最高點。
時間進入2006年，第三代的YZF-R1仍維持原有優勢，車身外觀沒有太大改變，僅在車架和引擎部分小幅度修改。YZF-R1動力搭載998c.c.水冷四衝程20汽門引擎，衝程53.6mm、缸徑77mm，壓縮比達到12.4：1。採用雙Ram-Air和短衝程設計加快了活塞上下動作 ，提高轉數至12,500rpm是與過去版本的差異。尤其透過輕量工程曲軸和鍛造活塞重量減輕，使最高馬力得以上升。2006年YZF-R1輸出高達175PS /12,500rpm，加上Ram-air更可達到183PS/12,500rpm的驚人數據
YAMAHA技術透過參與GP大賽獲得許多寶貴經驗，這具引擎以40度角前傾，搭配CF鍛造技術的Deltabox第五代車架，使得車架高鋼性優勢發揮，有效壓搾出更高的彎道極限，讓車手可以盡情發揮速度。YZF-R1的特色之一，便是由座下延伸的EXUP(Exhaust Ultimate Power valve)排氣系統，整套除附觸媒部份採用不銹鋼製造，其餘都是純鈦合金材料，其核心技術是在排氣管中增加節氣閥控制排氣時間、流量，以?生最佳排氣脈動。
懸吊系統YZF-R1選用全功能43mm KYB倒立前叉避震器，以及輕量化五輻合金輪框，以累積其加減速和轉向的本錢。在2006年R1的後搖臂加長20mm，讓軸心接近車體以減低鏈條張力變化時對後避震器的影響，也令重心分佈轉移1%至前輪。廠方強調這款YZF-R1無論是攻彎、加速或減速均擁有上乘的操控性能。
Overall length x width x height 2,085mm x 720mm x 1,105mm
Seat height 835mm
Wheelbase 1,415mm
Dry weight 173kg [174kg]
Engine type Liquid-cooled, 4-Stroke, DOHC, 5-Valve
Cylinder arrangement In-line 4 cylinder
Displacement 998cc
Bore x Stroke 77.0 x 53.6mm
Compression ratio 12.4:1
Maximum power 128.7kW(175.0 PS)/12,500rpm*NA: at natural intake
Maximum torque 107.1Nom(10.9kgfom)/10,500rpm*NA: at natural intake
Starting system Electric
Fuel tank capacity 18 liters
Fuel supply system Electronic fuel injection
Tire size (Front / Rear) 120/70ZR-17/MC / 190/50ZR-17/ MC
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