教宗遺體在經過葬禮，告別彌撒後將進行入殮儀式，教宗的棺木將經過三層棺槨層層密封，重達半公噸，最後棺木會移到教堂地下室，葬於教宗若望23世一度埋葬的墓位長眠於此。
教宗遺體在葬禮後隨即入殮，生前助手會在遺體頭部覆蓋白色絲質面紗，教宗手中會握有一串唸珠，身上所穿的壽衣則是一件紅色祭衣。
遺體首先放進最內層的柏木棺材，再放進第二層的鋅棺密封，最後放進橡木的棺木中，整組棺木重達半公噸，棺木上最後蓋上雕像，以及刻有名字出生年月日的雲石板，最後長眠教宗若望23世一度埋葬的墓位。
隨同教宗一同入殮的，還包括一份以拉丁文寫成教宗生平紀要隨，同紀念印章放進鉛管中，這些錢幣紀念印章會放在棺木中一個特製的小口袋，以及在教宗在位時鑄造的錢幣。
根據教廷表示，教宗的遺體已經經過特別處理，但是卻沒有做防腐的處理，教宗棺木在葬禮結束後，由樞機主教團團長帶領下，從大教堂中檯回教堂的地下室，與歷屆辭世的教宗一起長眠。
教宗,永別了2005/04/08【路透社 】
護衛羅馬天主教教宗若望保祿二世靈柩的抬棺者，4月8日在教宗喪禮開始時抬著他的木棺前進。
全球主要國家領袖當日與人海般的信徒一同，向這位世界宗教領袖最後告別。
這場喪禮是現代歷史上最大的一場喪禮。
路透/Jerry Lampen(發稿;鄒衡天/張若琪)
若望保祿二世：一個不一樣的教宗2005/04/07【中廣新聞網 】
「若望保祿二世：一個不一樣的教宗」（夏明珠報導）天主教宗若望保祿二世將在明天出殯，長眠於聖柏多祿大教堂地下的墓室，這幾天他的遺體暫厝在教堂大殿，供民眾瞻仰，無數天主教徒不遠千里趕到梵蒂岡，只為看教宗最後一眼，初春料峭的漫漫寒夜裡，他們在隊伍中苦苦的等候，和絕大多數天主教徒相比，能夠跟在教宗左右，採訪他的新聞，近距離與他互動，這在天主教徒看來，是多麼的令人羨慕，羅馬新聞的編輯、同時也擔任美聯社特約撰稿的Victor Simpson，就是這樣一個令人羨慕的人。
若望保祿二世在位26年，辛普森也跟了他26年，要他用一句話來形容若望保祿二世，辛普森說，他是一個不一樣的教宗。
辛普森回憶有一回教宗到印度洋的塞席爾群島，他隨團採訪，一天晚上，教宗邀請隨行記者共進晚餐，他因為耽誤了一點時間，蓬頭垢面、連衣服都來不即換，就匆匆趕到用餐地點，剛剛在外面淋了雨，他穿著濕搭搭還沾了油污的夾克出現在教宗的面前，擔心失禮，他特別向教宗解釋他穿的是工作服，教宗聽完笑笑，抓了抓胸前的衣服說他穿的也是工作服。
若望保祿二世就是這樣的平易近人，一個不端架子，會開玩笑的教宗。
一九七八年十月十六號傍晚，當教廷宣布卡羅爾沃提瓦樞機主教當選教宗的消息，聖柏多祿廣場上的群眾一頭霧水，大家都在問﹝什麼？是誰？﹞從那一刻開始，大家都知道這會是一個不一樣的教宗。
經常跟隨在教宗身邊採訪的記者，能夠更近距離的、從不同於一般人的角度，看到教宗。
在剛果訪問的時候，教宗隨著當地傳統音樂起舞，當選教宗後第一次回故鄉波蘭訪問，看到安全人員粗暴的推擋教徒，他因為內心不忍，表情痛苦扭曲，他訪問還沒有脫離印尼獨立時的東帝汶，信奉天主教的東帝汶學生，為了親近教宗，而和為回教政府執行公權力的印尼軍警，發生打鬥，教宗被匆匆忙忙的送上飛機，對於自己沒有能力解救那群仰望他的年輕人，教宗深感哀傷，他一語不發的閉目祈禱。
這些都是一般人看不到的不一樣的教宗。
十年前他健康開始惡化，沒有辦法再像過去一樣頻繁的出訪，不過記者還是清楚的記得從前他經常利用飛行途中，和隨行採訪的記者互動，他可以用五六種語言回答不同國家記者的提問，他身邊的主教經常認為記者比他們更親近教宗。
教宗最後一次在出訪途中，召開空中記者會，是在1998年前往古巴的時候，一年之後，他訪問印度，因為健康大幅惡化，他只回答了一個問題，那一次記者問他的是，對於備受質疑的教宗碧岳十二世可能封聖的看法，教宗若望保祿二世說，碧岳十二世是一位偉大的教宗。
碧岳十二世1939到1958年領導教廷，在第二次世界大戰期間，他對於納粹屠殺猶太人維持緘默而受到批評。
美聯社特約記者辛普森採訪教宗的資歷，比路透社記者普雷拉還要長，他八十多次隨教宗出訪，也就是在這些過程中，他發現到教宗的私人秘書德齊懷茲大主教，權力有多大，辛普森回憶有一次在訪問歸途上的空中記者會，教宗被問到他對於當時波蘭風起雲湧，反抗共產黨的工運看法，教宗有意閃避這個問題，正好那個時候，飛機遭遇亂流，記者會被打斷，不久之後，德奇懷茲主教就把幾個記者召喚過去，小聲的告訴他們，要他們待會兒把同樣的問題，再問一遍。
很顯然，在記者會休息的中間，教宗身邊的人很快速了做了一番政治評估，他們認為教宗應該為波蘭工人爭取民主的運動，挺身而出。
所以當記者再一次提出相同的問題時，教宗很明確的表達，他認為波蘭工人有罷工的權力。
德奇懷茲大主教也是波蘭人，追隨教宗四十多年，教宗愛他如子，教宗嚥氣的那一刻，德奇懷茲大主教緊握著教宗的手。
星期天，教廷安排長時間採訪教宗的記者，在梵蒂岡皇宮先行瞻仰教宗遺體，德奇懷茲主教坐在一旁，注視著教宗，強忍的淚水，在他眼框中打轉，有一回，他離開座位，走向教宗遺體，就像過去他曾經無數次趨前為教宗整理服裝、遞送演講稿或是調整麥克風一樣，他用慣有的腳步、敬愛的眼神，帶著一貫的自信與熟悉，接近教宗。
突然之間，似乎是意識到他已經不必再做這些事，他又掉頭落寞的回到座位上。
在超過四分之一個世紀採訪教宗的過程中，辛普森也留下了許多有趣的回憶，教宗出國訪問或是接見外賓的時候，經常會收到一些奇奇怪怪的禮物，辛普森看過教宗當場戴上他獲贈的一頂墨西哥草帽，和他身上穿著的白色教袍，形成有趣的對比，兩千年，教宗訪問巴勒斯坦的時候，曾經拜訪已故的巴勒斯坦領袖阿拉法特，阿拉法特給教宗戴上一條珊瑚項鍊。
有一年到澳洲訪問，有人抱起一隻無尾熊放在教宗懷裡，或許是覺得穿著白色的教袍，抱無尾熊的樣子有點不倫不類，教宗急忙把無尾熊遞給旁人，不過照相機快門還是留下了這個珍貴的影像。
去年十一月，葉門總統晉見教宗的時候，打開一只高級的手提箱，拿出一把葉門土著的彎刀獻給教宗，把教宗和他身邊的侍衛狠狠的嚇了一跳。
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