就在陈水扁加紧筹备“就职仪式”的时候，台湾媒体捅出了一条“军方惊天内幕”。据台湾《中时电子报》5月1日报道，台军4名“上将”———“参谋总长”及3名“副参谋总长”不久前集体请辞；其间，台“国防部长”汤曜明、“军政副部长”林中斌也坚决请辞。分析人士指出，军方顶尖人物纷纷请辞，使台军陷入空前危机之中，加重了台军内部
和岛内政坛的动荡局面。
军方高层关门争吵
“军方惊天内幕”到底是怎么一回事？这一时间成了岛内的热门话题，也成了各大媒体报道的焦点。
3月17日晚，台“国防部长”汤曜明召开紧急会议，商讨一个重大问题：3月20日这一天，留守军营的官兵能否轮流外出投票？由于此事可能会影响选举结果，因此，台军高层相当重视这次会议，“军令副部长兼参谋总长”李杰、“军政副部长”林中斌及“三军总司令”、“副参谋总长”等台军高层人物都参加了会议。会议开始后，汤曜明说要先听听大家的意见。李杰说，他主张按照惯例，允许留守军营的官兵轮流外出投票。没想到汤曜明一听这话就勃然大怒，拍着桌子斥责李杰，并训令在场的其他人：留守军人不得外出，违者一律严惩！李杰不服，随即争辩了几句。林中斌见气氛紧张，赶紧“打圆场”，不料也遭到汤曜明的严厉斥责。会场一下子变得鸦雀无声，没人敢再提什么意见了。汤曜明阴沉着脸又讲了一遍自己的训令，将领们“只好举手赞同”。会后，“留守军人不得外出，违者一律严惩”这一军令被迅速通报下去，许多高级将领也亲自下部队进行“宣传、指导”。
3月19日，陈水扁戏剧般地“遭到袭击”，台当局立即启动“国安机制”，使近10万军人留在军营内，不许参加3月20日的投票。选举结果宣布后，台军不少人对汤曜明提出质疑：为什么在这次选举中，留守军人较上次增加很多？有岛内媒体披露，早在一年前，陈水扁就做好了本省籍将领、台军“主帅”汤曜明的工作。汤曜明则作出保证：选举期间不让留守军人离营投票。台军高层多为国民党籍，他们因此指责汤曜明“晚节不保”，“与陈水扁沆瀣一气”。面对各方质疑和指责，汤曜明等人感到没法向军队作出交代，遂以健康为由提交辞呈。其间，“参谋总长”李杰及3名上将“副参谋总长”刘贵立、费鸿波、朱凯生，也集体提出辞呈。文职身份的林中斌也坚决要求辞职。
陈水扁恼羞成怒
据台湾媒体报道，这6人都是台军顶级人物，他们在几天内纷纷要求辞职，对台湾政坛来说不啻一次强震，使岛内动荡局面雪上加霜。台湾当局一时间慌了手脚。由于当时选举争议正闹得不可开交，陈水扁担心局面失控，便在第一时间封锁了这条消息，并要求汤曜明拒绝李杰等人的辞职要求。台军高层也不愿这件事进一步影响台湾局势，遂于5月3日警告岛内媒体：对“不实报道”，他们必要时将进行法律追究，“以正社会视听”。
李杰、刘贵立、费鸿波与朱凯生4名“上将”集体请辞内幕被披露后，台军上下人心浮动。陈水扁意识到此事非同小可，搞不好会危及他的“大好局面”。据透露，陈水扁起先想让李登辉看好的外省籍将领、台“总统府战略顾问”曹文生出任“国防部长”，但后来又决定由李杰接掌。他这样做，是想达到如下目的：第一，李杰是外省籍将领，重用他可以安抚以外省籍将官为主的台军官兵，尤其是高级将领；第二，由“参谋总长”升任“国防部长”，符合台军逐级提升的惯例，可以防止别人说陈水扁任人唯亲；第三，李杰在选前反对限制留守军人外出投票，若逼李杰退役，有可能引发台军高级将领的抗争，激发军队高层的动荡，进而激化岛内政局，重用他则可避免这一危险。另外，陈水扁还通过编列5000亿元新台币的“特别预算”，讨好军方。
但是，陈水扁没能压制住内心的恼怒，最终还是将炮口对准了军方。4月25日，他在嘉义参加一项活动时提出，泛蓝阵营3月21日至27日的街头抗争是“七日流产政变”。他还指责说，其间国民党高层与部分军方高层将领曾秘密会面。对此，汤曜明愤怒地回应说，这是“对军队最大的侮辱”。见汤曜明发火，民进党副秘书长李应元赶紧解释说，陈水扁提到的“政变”，只是在描述当时的紧张气氛。分析人士指出，不管民进党如何解释，陈水扁借“政变说”打压台军高层的企图已经没法掩饰了。另据报道，台当局还要在军方人事安排上打压台军高层。据透露，陈水扁手中有一张亲信名单，上面的人都将打进军方重要部门，随时准备替换国民党籍的将领。
台当局与军队暗中争斗
台军高层为何会陷入动荡？这对台湾意味着什么？专家认为，台军与台当局互相猜疑、暗中较劲是产生问题的最根本原因。
第一，台当局不信任台军高层。民进党上台后，标榜“军队国家化”的台军高级将领纷纷表示支持陈水扁，称不会发动政变，也不会介入政治事务。汤曜明接任“国防部长”后，一直压将领们表态忠于陈水扁，这次还力排众议强令留守军人不准投票。但枪击案戏剧般地突然发生，“国安机制”紧急启动，汤曜明没有参加这场戏的导演，却不得不接受戏的结局———禁止10余万军人投票。台湾媒体认为，汤曜明感到自己被陈水扁愚弄了，这可能是他提出辞职的另一个原因。
第二，台军官兵对陈水扁不满。台军绝大多数将领是所谓的外省子弟；数十年来，台湾军校学生也一直是外省子弟居多。民进党上台后，台军将领对反国民党、反“军人干政”的民进党不服，但在高层的压力下只好接受现实。但当陈水扁推行“渐进式台独”，并执意搞“公投”之后，不少台军将领纷纷表示反对。有一点尤其令台军官兵“心酸”：陈水扁的支持者竟对着他们叫嚷“滚回大陆去”。今年1月中旬，24名台军现役将领接受了台湾《联合报》的采访，其中22人表示不支持陈水扁的“防卫性公投”，20人表示“公投”会引发两岸军事紧张与对抗。4月3日，台“中山科学研究院”的海军现役军官也加入到台北民众抗议陈水扁的活动中。
至于台军高层陷入动荡对岛内局势的影响，专家认为，这可能会导致岛内分裂局面的进一步扩大，同时也有可能是新一轮政治危机的开始。在陈水扁看来，军方高层集体请辞，是一种反民进党情绪的集中爆发。按照陈水扁的性格，接下来他将采取措施以消除这种“政变危险”。台湾分析人士指出，陈水扁此时抛出“军事政变说”，可能预示着波及台军数百名少将以上军官的人事大调整就要开始。这势必会加重军人的不满情绪，进一步加剧岛内的对抗气氛。
美国派人前来调停
据报道，台军高层的动荡、“军事政变”传言也惊动了美国。5月1日，由美国国务院、国防部和太平洋司令部美军要员组成的“军政访问团”一行6人抵达台湾。消息灵通人士透露，最近几天，这个访问团在台当局与台军高层之间频繁穿梭，与台当局和台军高层展开密集的沟通，担当起“调停人”的角色。据透露，访问团的目的之一，就是防止台湾发生暴力冲突和军事政变。
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